En 1964, le ministère des Affaires culturelles du Québec classe la villa La Broquerie en tant que monument historique. Il est à noter qu’au moment du classement, le nom de l’ensemble de la villa La Broquerie est « manoir Pierre-Boucher », une appellation qui sera par la suite corrigée puisqu’elle réfère à une mauvaise interprétation parue dans l’Annuaire de Ville-Marie de 1878.
En 1964, à la demande de la Société historique de Boucherville, des fouilles archéologiques ainsi que des recherches historiques et architecturales sont réalisées sur le terrain de la villa. Elles sont réalisées par le ministère fédéral du Nord canadien et des Ressources nationales. L’objectif est de dater les fondations du manoir et de les documenter.
En 1964, un projet de centre historique et culturel d’envergure sur le site de l’actuel Parc historique La Broquerie est proposé par un groupe d’hommes d’affaires de Boucherville, « l’équipe des 21 ». Le projet est nommé la « Seigneurie Pierre-Boucher » et consiste en la création d’un centre culturel d’envergure qui comprend la recréation d’un village d’antan. C’est dans ce contexte que la maison dite Louis-Hippolyte-La Fontaine y est déménagée. Toutefois, le projet avorte, notamment pour des raisons financières.
En 1971, un incendie détruit une grande partie de la villa La Broquerie.
En 1974, la Ville de Boucherville achète le bâtiment et le terrain.
Dans les années 1980, le potentiel archéologique, la mise en valeur du site ainsi que la sécurité entourant les vestiges qui se détériorent, préoccupent la Société d’histoire des Îles-Percées et la Ville.
En 1981, une deuxième série de recherches archéologiques sont effectuées par la firme Arthrospec. Elles permettent de délimiter la zone à fort potentiel archéologique et de trouver des artefacts. Des sondages archéologiques révèlent la présence d’un alignement de pierre au nord-est du parc. Ces pierres ne sont pas maçonnées et mesurent sept mètres de long. La largeur est marquée par un seul rang de pierre. Selon ArthroSpec, il s’agit des fondations d’un bâtiment, probablement une forge puisque du mâchefer et des briques sont trouvés près de ces vestiges.
En 1981, les artefacts qui sont récoltés dans le cadre des sondages archéologiques sont en majorité associés aux 19e et 20e siècles. Des artefacts du 18e siècle sont trouvés à proximité de la partie identifiée comme la plus ancienne du manoir. Un tesson de poterie identifié comme un témoin de la culture amérindienne et daté du 17e siècle est relevé à une dizaine de mètres du manoir.
Au milieu des années 1990, le réaménagement du Parc de la Seigneurie est effectué et le nom est remplacé par Parc La Broquerie.
Un projet de mise en valeur des vestiges est proposé par la Société du Patrimoine de Boucherville. La restauration et la mise en valeur de ceux-ci sont effectuées en 1994.
La réfection des murs est réalisée selon deux objectifs : le respect des techniques de fabrication à la construction ainsi que l’apparence d’origine. Les ruines sont traitées de manière à favoriser leur conservation à long terme. Sur le site, un panneau d’interprétation décrit l’histoire du bâtiment et permet l’interprétation du lieu.
Le ministère de la Culture et des Communications détermine que le site présente un potentiel de fouilles archéologiques. Le secteur nord-ouest des vestiges est particulièrement ciblé par cette recommandation.
En 2011, la Ville de Boucherville effectue des travaux de réfection d’aqueduc et de conduites sanitaires sur la rue De La Broquerie. C’est dans ce contexte qu’en 2011 une surveillance archéologique est effectuée par la firme Archéotec. Ces travaux sont effectués en bordure du Parc historique La Broquerie et aux limites de ce dernier.
Ces travaux permettent de révéler la présence d’un foyer amérindien près de la rue De La Broquerie et du boulevard Marie-Victorin. Cette découverte apporte beaucoup à la connaissance de l’histoire du parc et plus précisément au sujet de l’occupation amérindienne du secteur.
En 2011, un puits est découvert en bordure du parc, mais il n’est pas possible de le dater précisément. Lors des fouilles effectuées en 1981, un témoin affirme qu’il y aurait eu un puits à cet endroit dans les années 1960. Les archéologues sont d’avis que ce puits a pu être utilisé sur une longue période puisque les artefacts trouvés à proximité proviennent des 19e et 20e siècles, mais certains sont typiques des 17e et 18e siècles.
Le rapport réalisé par Archéotec souligne le potentiel archéologique du site. Les archéologues indiquent le grand intérêt du site du point de vue de l’occupation amérindienne et de la période du régime français. Ils soulignent l’importance d’une fouille minutieuse.
À l’été 2014, un inventaire archéologique est réalisé dans le Parc historique La Broquerie. La technique employée est le sondage manuel. Dans le secteur nord-ouest du parc, 138 sondages de 50 cm sur 50 cm sont réalisés.
L’allée de circulation parallèle à la Villa La Broquerie et située entre les deux rangées d’arbres ne révèle que peu d’intérêt archéologique. En effet, bien que cette voie soit probablement ancienne, les sols semblent avoir été modifiés. On y trouve un remblai de petites pierres de 50 à 80 cm d’épaisseur.
Dans la section du parc située entre l’allée de circulation et la partie boisée, une portion est plus riche en artefacts. Elle est positionnée le long de l’allée centrale et en bordure de l’actuelle dépression dans le sol. On y trouve des objets de quincaillerie comme des pentures et clous et des objets reliés à la vie domestique, tel que des fragments de terre cuite locale commune vernissée verte. Ces artefacts laissent présumer une occupation du secteur au cours du 19e siècle. Ce secteur relève aussi des planches posées à plat et des fragments de briques. Il pourrait s’agir de dépendances reliées au bâtiment principal et positionnés en bordure de l’allée centrale. Des creusements qui seraient des caniveaux ont aussi été observés.
Le secteur en bordure du boulevard Marie-Victorin présente des artefacts reliés à la période préhistorique et historique. On trouve des petits éclats provenant du travail de la pierre, des tessons de poterie ainsi que des os blanchis qui datent du Sylvicole supérieur. Cette section du parc présente aussi des artefacts des 17e et 18e siècles, soit deux fragments de pipes canadiennes et des tessons de terre cuite d’origine française. La présence des artefacts préhistoriques à environ 25 à 35 cm sous la surface gazonnée laisse penser que cette section de terrain a été épargnée par les labours.
Selon les archéologues, ces deux secteurs présentent un intérêt archéologique et il serait pertinent d’y poursuivre les recherches.